スピルリナは藻類の中の藍藻の一種で、タンパク質やミネラル、ビタミン類を豊富に含む食物として世界各地で研究が進められています。乾燥物の見た目はクロレラのように緑色の粉末状ですが、抽出条件を変えることで緑色のクロロフィルや黄色のカロテノイド色素と青色色素をそれぞれ分離することができます。その青色の色素の主成分は植物の光合成で光を集める色素部分（フィコシアノビリン）にタンパク質が結合したフィコシアニンからなり、本来は光合成に関与している成分で、天然色素としては珍しい鮮明な青色を呈することから重用されています。天然の青色の色素としては日本では他にクチナシ青色素もありますが、米国やＥＵで使用できる天然色素は今のところスピルリナ色素のみとなります。

　フィコシアニンを持つ藻類は藍藻以外にも紅藻類にも見られますが、スピルリナは細胞壁が薄く、色素の抽出が容易であること、また培養の至適環境がアルカリ条件のため、雑菌のコンタミが少ないことから、スピルリナを培養して得られた色素が食用色素として用いられています。