麹菌（コウジカビ）は古くから日本酒、味噌、漬物、醤油、焼酎など日本の発酵文化に不可欠の素材として使われてきました。その中で発酵で赤色の色素を産生する麹菌を紅麹菌、得られた色素をベニコウジ色素と呼ばれるようになりました。
　　なおベニコウジ色素は紅麹菌の赤色そのものですが、紅麹にはその他に黄色の色素も含まれており、ベニコウジ黄色素として別個に収載されています。

紅麹菌を用いて作られる代表的な加工食品は中国や沖縄で紅酒や紅豆腐（沖縄名：豆腐よう、写真）で、中国や沖縄で古くから食されてきました。また漢方としても利用されており、中国の書物「本草綱目」にも記載があります。

　紅麹菌から得られる赤色の色素の主体はアンカフラビン(Ankaflavin)やモナスコルブリン(Monascurubrin)といった、基本骨格ブテノリド(ブテノライド）に置換基が異なる幾つかの化合物です。これらは培養液中のタンパク質、ペプチド、アミノ酸と反応して水溶性の複合体を形成して水溶性の赤色色素を呈します。

　私たちはこの赤色の色素に着目して食品に利用してきましたが、元々これらの物質は、紅麹菌が自らの増殖を促進するための二次代謝物として産生したものです。昔は米やパン粉を用いた固体培養法が主流でしたが、近年はより効率化しやすい液体培養法が主流になっています。なおこの色素は水やエタノール、プロピレングリコールには溶けますが、油脂には溶けません。
　ｐHに対する色調の影響はなく、耐熱性は比較的優れています。またタンパク質への染着性がよいため、水産練り製品に多く使用されます。その一方で耐光性が低く、特にpHが低いと影響を受けやすいという性質があります。また酸性・高塩性の環境下では沈殿することがあります。