日本では天然着色料の扱いは、その経緯もあり複雑になっています。食品添加物は指定添加物、既存添加物、一般飲食物添加物の３種類に分けられますが、指定添加物の中には天然着色料はありません。既存添加物は、食品衛生法が1995年に大きく改正された際に、その時点ですでに使用されていた天然添加物をまとめたものです。この改正以降、合成・天然問わず、食品添加物として認められるためには安全性の科学的根拠を元に申請し、認可をうけることが必要になりました。天然着色料ともいえども、本来であれば使い続けるためには科学的根拠の検証が必要でしたが、それまで使われ続けていたという実績を配慮して、その段階で科学的根拠が不足していてもひとまず既存添加物として使用し続けられるようにしたものです。

このような経緯があり、既存添加物は順次、科学的な検証が行われ、規格化が進められています。規格は定期的に改訂されている食品添加物公定書に収載され、規格化された添加物が順次追加されています。

　また公定書に収載されていない段階でも、業界団体の取り組みとして（一財）日本食品添加物協会が主体となり自主規格「既存添加物自主規格」を設定して公開しています。

　その他、通常食品として飲食されている食品が添加物として使用されている場合に一般飲食物添加物として扱われています。色素ではアカダイコン色素やシソ色素などがあります。一般飲食物添加物でもアカキャベツ色素のように規格化されて食品添加物公定書に収載されているものもありますが、ほとんどはまだ公定書には記載されておらず、既存添加物自主規格に収載されています。

公定書と自主規格については「食品添加物と着色料」も参考下さい。